Sin armas de fuego, los Erie consiguieron mantener a los iroqueses fuera de su territorio durante tres años, hasta que la resistencia terminó en 1656. Los supervivientes se incorporaron a los iroqueses.

Por otro lado, en 1650 los franceses enviaron un intermediario Montagnais y un misionero Jesuita al norte de Nueva Inglaterra para fomentar una alianza entre el Sokoki, Pennacook, Pocumtuc, y mahican contra los iroqueses. Consiguieron la alianza y proveyeron de armas de fuego a sus miembros.

La paz con el Susquehannock, en 1655, liberó a los Mohawk y Oneida para atacar a sus enemigos en Nueva Inglaterra, y la alianza recibió su primera prueba. Los mahican dejaron la alianza en 1658 para aliarse a los mohawk. Sin embargo, éstos descubrieron que los mahican comerciaban con los Montagnais y Sokoki. En 1662 los Mohawk atacaron a los Mahican. Dos años de guerra forzaron a los mahican a abandonar la mayoría del valle de Hudson, incluyendo su capital, Shodac, cerca de Albany.

Los Sokoki, Pennacook, Pocumtuc, y Montagnais continuaron la pelea con los Mohawk. En 1660 se sumaban los abenaki, aliados de Montagnais. Después de un ataque contra una aldea Mohawk, fracasado en 1663, los Pocumtuc pidieron a los Holandeses que arreglaran una tregua. No fue así, y, en diciembre los seneca y mohawk destruían la principal aldea Pocumtuc en la Colina del Fuerte (Deerfield, Massachusetts). El ataque se repelió con la pérdida de casi 300 guerreros, pero el Pocumtuc abandonó la Colina de Fuerte y trató de arreglar una paz a la que los mohawk accedieron; pero los embajadores iroqueses fueron asesinados de camino a la conferencia. Aunque el ataque no había sido obra de los Pocumbut, los mohawk renovaron sus ataques y les forzaron a retirarse.

Los franceses, preocupados porque los británicos se hicieran con el control del comercio de piel y cansados de verse amenazados por los iroqueses, tomaron posesión formal de Nueva Francia y, en junio de 1665 enviaron un regimiento de 1.200 hombres contra los iroqueses. En su primera ofensiva los soldados franceses se perdieron en el bosque, pero, más tarde, durante el invierno de 1665-66, invadieron la tierra natal Iroquesa con un efecto devastador y quemaron las aldeas Mohawk de Tionnontoguen y Kanagaro. Los mohawk pidieron ayuda a los ingleses, el gobernador de Nueva York acordó una alianza a cambio de que los mohawk se aliaran con los mahican y Sokoki. Los mahican aceptaron, pero los Sokoki rehusaron. El verano siguiente, el Mohawk atacaba a los Pennacook, mientras los Sokoki y Kennebec destruían sus aldeas.

El ejército Francés reanudó sus ataques pero fueron ejecutados en una emboscada de los mohawk. Los iroqueses acordaron la paz con los franceses en 1667. Los mohawk, tras desplazar a los Pennacook acordaron la paz con los sokoki.

En este punto, ningún poder en América del Norte podría haber parado a la Liga Iroquesa, incluidos los europeos. Sin embargo, los iroqueses decidieron repartir con ellos el comercio, armas...

En 1667, las tribus siguientes habían sido forzada a reubicarse desde sus ubicaciones originales:

1. El Potawatomi, los fox y sauk, y Mascouten, desde Michigan inferior, vivían en aldeas mixtas de refugiados en Wisconsin.

Grupo Kickapoo. Denver Public Library

2. El Shawnee, Kickapoo, y parte del Miami fue forzada desde Ohio e Indiana. El Kickapoo y Miami se trasladaron a Wisconsin, pero el Shawnee se esparcido por Tennessee, Illinois, Pensilvania, y Carolina del Sur.

3. Atacado por el Seneca en 1655 por dar refugio a los hurones y neutrales, los Illinois se trasladaron al oeste del río Mississippi. Volvieron luego pero no llegaron a poseer su territorio original del valle fluvial de Illinois.

4. El Dhegiha Sioux (Osage, Kansa, Ponca, Omaha, y Quapaw) abandonó el valle inferior Wabash y se traslado al oeste del Missouri. El Quapaw, sin embargo, separado de las otras tribus, emigró al sur, y radicó en la boca del Arkansas.

5. El Huron, Tionontati, Wenro, neutrales, y Erie se habían absorbido entre los iroqueses. Aproximadamente 1.000 Huron y Tionontati que escaparon de la captura se movieron a Wisconsin, al interior del Mississippi en Minnesota, y finalmente a la costa austral del Lago Superior.

6. El Ottawa había dejado su ubicación original sobre las islas de Lago Huron y se trasladó al oeste de Michigan.

7. Algunas tribus en el valle de Ohio simplemente desaparecieron y se conocen únicamente por su nombre: Casa, Cisca, Iskousogom, Moneton, Mospelea, Ouabano, Teochanontian, Tomahitan, y Tramontane. Quien eran y exactamente qué les sucedió es desconocido.